Generalmente, la respuesta frente a un protozoo es intracelular. Son microorganismos unicelulares con un ciclo biológico muy complicado.
En el caso de los helmintos la célula dendrítica presenta el antígeno a un linfocito T y éste produce IL-4 (cambio de isotipo a IgE), generándose un linfocito Th2. La presencia de IgE permite la activación de eosinófilos y mastocitos, que liberan al medio sustancias vasoactivas, produciendo un foco inflamatorio, y sustancias neurotóxicas.
Los fagocitos no son eficaces frente a este tipo de infecciones, pues no tendrían ningún efecto positivo ya que los patógenos que producen la infección son demasiado grandes.
De modo que el tipo de repuestas más eficaces frente a protozoos intracelulares no son los innatos, aunque sí que pueden ayudar a generar una respuesta inflamatoria local. Pero la respuesta más eficaz es la adaptativa mediada por IgE, cuya función es la activación de los mastocitos y basófilos para que se degranulen y liberen sustancias tóxicas al exterior.
Los Th1 serían los linfocitos más eficaces, pues activan las repuestas de tipo citolítico mediadas por CD8+, macrófagos y células NK. Son las más eficaces y en algunas ocasiones frente a protozoos unicelulares o helmintos podrían desarrollarse respuestas mediadas por Th2.

Mecanismos innatos:
- Opsonización y fagocitosis.
- Degranulación de mastocitos y lisis.
Mecanismos adaptativos:
- Anticuerpos: generación de linfocitos productores de IgE, que requiere:
- Activación de linfocitos CD4+:
- Th1 estimulan a macrófagos para eliminar protozoos (unicelulares). Frente a pluricelulares no serían eficaces.
- Th2 estimulan células B, que sintetizan IgE y median la activación de los eosinófilos y mastocitos (reacción frente a helmintos).
- Linfocitos T CD8+ para lisar a los macrófagos infectados que no pueden eliminar por si solos a los parásitos.
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