El cambio de isotipo tiene lugar en células B activadas por antígeno y está regulado por células T cooperadoras (Th1 y Th2). La ayuda presentada por la célula Th al linfocito B se lleva a cabo a dos niveles: uno que implica contactos directos a través de CD40/CD40L y otro controlado por factores solubles (citocinas). Algunas de estas citocinas son las mismas que se encontraban implicadas en la inducción de proliferación de linfocitos B (IL-4).
Por citocinas
Mientras que la necesidad de contactos directos parece universal para todos los isotipos, ciertas citocinas inducen cambios a un isotipo concreto.
Todas las citocinas actúan del mismo modo: hacen accesibles a las recombinasas los sitios específicos de recombinación S (regiones switch) situadas antes de los genes constantes de las cadenas pesadas de las inmunoglobulinas.
Por tanto, las células Th regulan tanto la producción de anticuerpos de las células B (Th2) como su isotipo (Th1 y Th2), que determina la función efectora del anticuerpo. El cambio de isotipo no varía la especificidad sino la función efectora, pues no se modifican los genes de los fragmentos variables.
El fragmento que se pierde por la acción de las recombinasas supone la pérdida de genes de determinados isotipos, de forma que estos ya no pueden sintetizarse por la célula.

Por CD40L/CD40
La vía de activación por contacto más importante es la mediada por el par CD40L/CD40 (sobre células T y B respectivamente). CD40L es esencial para el cambio de isotipo de los linfocitos B: individuos deficientes en dicha molécula sólo sintetizan IgM.
El linfoblasto, cuando entra al centro germinal, se va a encontrar con que otras células a su vez han producido citocinas, que van a determinar el tipo de anticuerpo.
- Cuando se activa el linfocito, debe intentar producir anticuerpos en una respuesta primaria que es una respuesta de IgM, anticuerpos no muy activos con una afinidad baja media. En el medio hay IL-2, IL-4 e IL-5 no cambian de anticuerpo.
- En el caso de que se produzca IFN-γ hace que se segreguen IgG2a o IgG3, importantes en la respuesta inmunitaria frente a patógenos infecciosos.
- Si hay TGF-β, se induce la producción de IgA o IgG2b.
- En el caso de IL-4 se produce IgE o IgG1.

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