Es más difícil que los anticuerpos puedan actuar porque están dentro de la célula.
Cuando el microorganismo se introduce en el interior celular, la célula huésped inicia mecanismos de defensa orientados a la destrucción del microorganismo, pero suelen ser inútiles o bloqueados. Las primeras células con las que se encuentran los microorganismos son los macrófagos.
En estas situaciones tenemos un fagocito, por ejemplo un macrófago, con una bacteria, por ejemplo la micobacterium tuberculosis. Esta bacteria impide la formación del fagolisosoma por lo que las bacterias permanecen latentes en el interior celular y no son destruidas.

Mecanismos innatos
La fagocitosis es poco eficaz, ya que el microorganismo resiste en vesículas endosomales dentro de los fagocitos.
A pesar de que el fagocito es incapaz de destruir el microorganismo de su interior, la célula se activa, libera citocinas (IL 1, IL6 y TNFα), y puede presentar el antígeno porque si que ha conseguido destruir alguna bacteria.
Esto hace que los linfocitos Th contactan con los macrófagos infectados, que les presentan los antígenos foráneos mediante el MHC de clase II. El Th origina IFNγ e IL-12 que potencian los mecanismos de defensa. Además el IL-12 favorece la diferenciación de los linfocitos CD4+ a Th1 y estas Th1 producen más IFNγ para estimular el efecto propio del macrófago y conseguir la destrucción del microorganismo.
También pueden activarse las células NK, por las citocinas IL12 e INFγ (fundamentalmente INFγ), que actúan destruyendo a otras células infectadas (que no sean macrófagos).
Por lo tanto, los mecanismos importantes contra estos patógenos no son los anticuerpos sino la activación de Th1, es decir, los mecanismos adaptativos de la inmunidad celular. Las células Th1 se apoderan de la función secretora de los macrófagos, y sintetiza IL12 e INFγ.
Los linfocitos T CD8+ también son eficaces, junto con los macrófagos, para destruir al patógeno, para lo que tiene que destruir a la célula que lo contiene.
**IFNγ principal activador de las células citolíticas.
Mecanismos adaptativos
- Anticuerpos: poco efectivos (son útiles en una posible reinfección). No pueden atacar el microorganismo que se encuentra dentro del macrófago.
- Macrófagos se activan tras la activación de linfocitos Th1 y la secreción de IFNγ.
- Inmunidad celular: los linfocitos T CD8+ son los más eficaces en las infecciones de este tipo.